Problem odmurowania z cegieł i kamieni spojonych różnymi w swoim składzie zaprawami był w pewnych partiach przylegających do romańskich ścian szczególnie skomplikowany. Wiadomo było, że na wszystkich częściach architektury romańskiej, zwłaszcza w wyższych partiach absydioli i sklepienia nawy występowały relikty romańskiego malowidła. Odmurowanie w takich miejscach musiało przebiegać w bardzo przemyślany sposób. Polegało ono na wstępnym usuwaniu zaprawy murarskiej, penetrowaniu w kierunku lica ścian romańskich, często z koniecznością zabezpieczania dostrzeżonych romańskich nawarstwień tynkowych. Dopiero później można było bez naruszania tych elementów wydobyć częściowo lub w całości zamurowujące cegły lub kamienie, XIX wieczny drewniany sufit konfesjonału usunięty został dopiero w drugiej fazie prac. Został bowiem adoptowany jako rusztowanie dla precyzyjnych zabiegów konserwatorskich przy odsłanianiu malowideł w górnej partii zachowanych części absydioli oraz na sklepieniu nawy. Stawianie rusztowania byłoby większą komplikacją ze względu na nie typowy kształt i wielkość pomieszczenia. Nie było też miejsca na gromadzenie narzędzi, gruzu oraz ważniejszych znalezisk, które w nim odkryto. Usuwanie gruzu i odpadów w funkcjonującym kościele, stanowiło stały, trudny problem realizacyjny. Stopniowe usuwanie XVII, XVIII, XIX i XX wiecznych nawarstwień i dodatków we wnętrzu trwało 3 lata z dłuższymi przerwami trwającymi nawet 6 miesięcy, wynikającymi z uzgodnień problemów formalnych i finansowych. Odsłonięte wątki murów romańskich, a przede wszystkim dekoracji malarskiej wymagały bardzo dokładnej dokumentacji. Zachowane są bowiem fragmentarycznie, w  różnych częściach odkrytej architektury romańskiej. Poszczególne fragmenty bardzo szczęśliwie pokazuj ą jednak całe założenie kompozycyjne dekoracji romańskiej w części nawy i absydioli południowej. Mimo znacznego uszkodzenia zewnętrznej warstwy malarskiej stanowiącej o charakterze malowidła zachowały się w szeregu miejsc, zwłaszcza na obrzeżach absydioli, elementy szat i włosów, a także twarz jednego z aniołów. Znając bezpośrednio z prac konserwatorskich szereg malowideł romańskich uważam, że odkryte tu detale jak i całość kompozycyjna znacznie różnią się od pozostałych znanych dekoracji malarskich na terenie Polski. Wydaje się bardzo uzasadnione poszukiwanie przez historyków sztuki analogii daleko poza terenem naszego kraju. Tak samo bez większej ingerencji konserwatorskiej zostały potraktowane pierwotne fugowania kamiennych wątków romańskich, do których użyto zapraw wapiennych oraz odkryta w ostatniej fazie prac pod koniec 2003 roku posadzka romańska. Jak wykazały badania wykonana jest ona z zaprawy wapiennej i stan jej można określić jako nie wymagającą obecnie większych zabiegów konserwatorskich. Dzięki wykonanym w latach 2001 2003 pracom konserwatorskich udało się utworzyć we wnętrzu zbarokizowanego kościoła romańskiego niewielki fragment wnętrza reprezentujący nie tylko elementy architektury z bardzo charakterystyczną obróbką licowej powierzchni ciosów. Proporcje i wielkość absydioli i nawy, a także charakter dekoracji malarskiej jedynej z tego okresu zachowanej w Krakowie oraz fragment dobrze zachowanej posadzki. Pomieszczenie to ma obecnie charakter romańskiego rezerwatu zawierającego w swoim wnętrzu najważniejsze świadld pokazujące jak mogło wyglądać pierwotnie wnętrze tak ważnej dla Krakowa świątyni romańskiej. W rezultacie charakter ekspozycji ma znamiona archeologiczne muzealne i dzięki temu problemy ekspozycyjne i zabiegi konserwatorskie ograniczone zostały w naszym programie do niezbędnego minimum. Powstał więc trwały i stosunkowo wygodny dostęp do autentyczne romańskiej substancji zabytkowej, a nie tylko do materiałów dokumentacyjnych jak działo się to po wszystkich dotychczasowych badaniach. Dostęp będzie bardzo ograniczony do osób odpowiedzialnych za stan odkrytych reliktów romańskich i badaczy wyposażonych w coraz to doskonalsze metody i urządzenia, którzy mam nadzieję pogłębią naszą obecną wiedzę o Św. Andrzeju.